Der europäische Emissionshandel wurde Anfang 2005 aufgenommen. Durch die Art der Umsetzung der europäischen Emissionshandelsrichtlinie ist die Funktionsfähigkeit dieses marktwirtschaftlichen Anreizinstruments erheblich beeinträchtigt worden. Der SRU plädiert in seiner Stellungnahme für eine marktorientierte Neuausrichtung des Instruments im Nationalen Allokationsplan II. Die Attraktivität der Idee des Emissionshandels liegt in der Einfachheit des Systems. Der SRU empfiehlt, die Ausgestaltung des Emissionshandels auf seine elementaren Grundprinzipien zurückzuführen. Konkret schlägt er eine Abkehr von der periodischen kostenlosen Zertifikatsvergabe vor und spricht sich für die Versteigerung von 10 % der Emissionsrechte für die Periode 2008 bis 2012 sowie die Versteigerung von 100 % der Emissionsrechte ab 2012 aus.